Nunukan (ca. 50.000 Einw.) ist Bezirkshauptstadt des gleichnamigen Bezirkes in der Provinz Nordkalimantan. Es liegt direkt an der Grenze zu Sabah Malaysia (Grenzübertritt durch Fähre von/nach Tawau).
Die Stadt liegt auf der Insel Pulau Nunukan. Im Norden der Insel ist ein kleiner Flughafen.
Einwohner etwa 50.000